营业执照登记的是股东身份，自然人股东用身份证，公司股东用营业执照加法定代表人身份证，所以不存在"身份证注册"和"其他方式注册"的对立。真正区别在股东是自然人还是企业：法人股东分红可享居民企业间免税、风险多一层隔离；自然人股东直接持股，分红和转让都要缴个税。具体架构可让长沙九地会计帮你测算。